根据《中共上海市委办公厅 上海市人民政府办公厅印发<上海市交通委员会职能配置、内设机构和人员编制规定>的通知》，上海市交通委员会设下列内设机构：

(一)办公室

(二)研究室

(三)组织人事处(老干部处)

(四)计划财务处

(五)法规处(行政审批制度改革处)

(六)综合交通处(国际合作交流处)

(七)综合规划处

(八)交通建设处

(九)航运处

(十)港务监督管理处(洋山港区管理办公室)

(十一)海事处

(十二)设施养护监督管理处

(十三)设施运行监督管理处(停车管理处)

(十四)客运处(出租租赁汽车处)

(十五)货运处

(十六)运输服务处

(十七)轨道交通处

(十八)铁路处

(十九)民用航空处

(二十)科技信息处

(二十一)安全监督管理处

(二十二)国防交通处

(二十三)社会宣传处

(二十四)信访办公室

(二十五)审计处

按照有关规定设置机关党委和机关纪委。