根据《中共上海市委办公厅 上海市人民政府办公厅印发<上海市交通委员会职能配置、内设机构和人员编制规定>的通知》，上海市交通委员会设下列内设机构：

（一）办公室。负责机关日常运转，承担信息、文电、督办、档案、保密、政务公开、外事等工作。

（二）研究室。承担交通发展重大问题研究工作，组织编制综合交通发展战略，开展交通行业综合性改革、课题管理等工作。

（三）组织人事处（老干部处）。承担机关和所属单位干部人事、机构编制、教育培训、离退休干部、社会组织管理等工作，指导交通行业人才队伍建设工作。协助党组落实党的建设工作。

（四）计划财务处。组织拟订交通行业经济政策、成本规制、特许经营、价格和收费标准。负责机关和所属单位的财务、资产管理工作。承担财政性资金维护项目计划管理，以及相关维护项目审批和资金监督管理工作。

（五）法规处（行政审批制度改革处）。组织起草有关交通运输工作的地方性法规、规章草案。指导监督交通运输综合行政执法工作。组织推进行政审批制度改革。承担非营业性客车额度拍卖管理等工作。

（六）综合交通处。指导协调综合交通体系建设，优化交通运输结构，推进交通精细化管理。协调推进“春运”、重大活动等交通保障工作。承担长江三角洲区域交通合作有关工作。联系协调民航、邮政等涉地管理工作。

（七）综合规划处。组织编制综合交通发展规划和专项规划。开展交通基础设施建设项目技术储备、项目建议书和工程可行性研究。承担港口岸线审批、交通行业统计管理、综合交通调查、建设项目交通影响评价、交通专项规划的环境影响评价工作。

（八）交通建设处。推进交通基础设施新建、改建、扩建项目的建设。编制交通重大工程建设计划，并组织实施。组织开展相关交通建设项目初步设计、施工许可、安全质量监督、竣工验收，以及港口工程施工图设计审批、航道工程设计审批、地方铁路工程施工图审查工作。承担交通建设相关新技术应用推广、标准定额等工作。

（九）科技信息处。协调推进交通行业科技与信息化、智慧交通、绿色交通发展工作。组织推进交通行业技术标准制定、质量管理、社会信用体系建设等工作。

（十）安全监督管理处。组织监督交通行业贯彻执行有关安全生产法律、法规、政策和标准，组织拟订交通行业安全生产规范、标准、制度。指导交通行业安全生产和应急管理体系建设，依法开展有关事故调查处理工作。

（十一）航运处。承担上海国际航运中心建设综合协调有关工作。协调推进共建“一带一路”、长江经济带发展、长江三角洲区域一体化发展、自由贸易试验区建设等国家战略在上海港航领域的实施工作。

（十二）港务监督管理处（洋山港区管理办公室）。承担港口经营和航运市场监督管理、洋山深水港区管理工作。承担航道养护和内河水域海事管理、上海港引航行政管理、船舶（含渔船）检验和监督管理、内河水上搜救体系建设工作。

（十三）轨道交通处。承担轨道交通行业运营安全、服务质量监督管理工作。承担轨道交通保护区作业项目审批和监督管理、新线初期运营认定和评估工作。

（十四）铁路处。联系协调国家铁路涉地管理工作。组织编制地方铁路运营管理规范，并组织实施。承担地方铁路新线初期运营认定和评估、安全监督管理和保护区作业项目备案工作。协调推进铁路沿线安全环境治理和跨省地方铁路运营管理工作。

（十五）交通战备处。负责国防交通物资储备管理、交通领域涉军事项协调工作。承担口岸涉及国家重点物资、紧急和特种物资、军事和抢险救灾物资运输的组织协调、监督管理和安全保障工作。

（十六）社会宣传处。承担机关和所属单位意识形态、精神文明建设、新闻宣传等工作。承担党组理论学习有关工作。

（十七）信访办公室。承担有关来信来访事项的受理、转交办、协调、督办工作。承担维稳、热线管理等工作。

（十八）审计处。承担机关和所属单位审计工作，组织开展市级交通建设维护项目竣工决算审核、申报和相关专项审计工作。

按照有关规定设置机关党委和机关纪委。